Theo đó, vào khoảng hơn 3 giờ sáng ngày 13/4, sau quá trình theo dõi hành trình của tàu Thịnh Phát 06, có biển kiểm soát ĐN 2984, Đoàn Đặc nhiệm miền Bắc, Cục Phòng chống ma túy và tội phạm thuộc Bộ đội Biên phòng VN đã phối hợp với lực lượng của bộ đội Biên phòng tỉnh Ninh Bình đã tiếp cận tàu này tại tọa độ 20o08'775''N-106o38'956''E thuộc vùng biển Thái Bình.
Khi tiến hành kiểm tra tàu Thịnh Phát 06, lực lượng Bộ đội Biên phòng phát hiện trên tàu đang vận chuyển 500m3 dầu DO.
Tại thời điểm kiểm tra, tàu do ông Ninh Quang Huỳnh (50 tuổi, trú tại thị trấn Cát Thành, huyện Trực Ninh, tỉnh Nam Định) làm thuyền trưởng cùng 7 thuyền viên khác đang vận hành tàu.
Tuy nhiên, tuyền trưởng Ninh Quang Huỳnh và đoàn thuỷ thủ không xuất trình được giấy tờ chứng minh nguồn gốc, xuất xứ hợp lệ của khối lượng dầu đang chuyên chở này.
Hiện, Bộ đội Biên phòng đã tạm giữ tàu cũng như số lượng dầu tang vật trên để phục vụ điều tra.
