Hiện tại ông đang là 1 trong số 105 cá nhân được hội đồng giáo sư cơ sở đề xuất đạt chuẩn GS năm 2019.
Điều đặc biệt, vào năm 2016, ông Hùng đã trượt trong đợt xét tiêu chuẩn giáo sư của Việt Nam.
Nguyên nhân khiến PGS Nguyễn Xuân Hùng không đạt được chức danh GS năm đó là vì khi xét hồ sơ của ông ở hội đồng ngành, tất cả thành viên đều bỏ phiếu đồng ý. Tuy nhiên, các thành viên đã không để ý điểm sách của ông (2,6 điểm), số điểm này không đủ điểm tối thiểu theo quy định hiện hành (điểm sàn là 3).
PGS Nguyễn Xuân Hùng đã lọt vào danh sách tốp 1% nhà khoa học thế giới có ảnh hưởng trích dẫn cao theo công bố của Hãng thông tấn và dữ liệu Thomson Reuters.
PGS Nguyễn Xuân Hùng cũng đã có hơn 110 bài báo quốc tế ISI, 3 năm liên tục được xếp vào tốp 1% nhà khoa học thế giới có ảnh hưởng trích dẫn cao, được Quỹ Alexander von Humboldt của Đức trao giải thưởng nghiên cứu, là người đầu tiên được nhận giải thưởng Nguyễn Văn Đạo, có đóng góp đáng kể cho nghiên cứu và đào tạo nước nhà.
Gần đây nhất tạp chí PLoS Biology vừa công bố danh sách 100,000 nhà khoa học trên thế giới được xếp vào nhóm được trích dẫn nhiều nhất trên thế giới, trong đó có PGS Nguyễn Xuân Hùng. Đây là lần thứ 5 ông Hùng lọt vào danh sách các nhà khoa học có ảnh hưởng của thế giới.