Tuy nhiên, đến nay Chính phủ vẫn chưa ban hành được Nghị định hướng dẫn chi tiết thực hiện một số điều của Luật như quy định.
Điều này gây khó khăn cho các cơ sở giáo dục ĐH trong việc triển khai thực hiện Luật. Trong đó, quan trọng nhất là việc công nhận Hội đồng trường chưa được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Hậu quả là nhiều trường ĐH kể cả trường công lập và trường dân lập, tư thục vẫn chưa được công nhận Hội đồng trường. Ví dụ, theo phản ánh, trường ĐH Dân lập Hải Phòng được chuyển sang trường đại học tư thục và đổi tên thànhTrường Đại học Quản lý và Công nghệ Hải Phòng. Ngày 20/6/2019 trường đã có Tờ trình số 361/TTr-HPU cùng hồ sơ quá trình bầu thành viên Hội đồng trường trình lên Ủy ban nhân dân thành phố Hải Phòng đề nghị công nhận.
Ủy ban nhân dân thành phố Hải Phòng có công văn số 4355/UBND- VX gửi Bộ GD&ĐT xin chỉ đạo về việc công nhận Hội đồng trường ĐH Quản lý và Công nghệ Hải Phòng. Nhưng cho đến thời điểm này, sau 6 tháng kể từ ngày trình hồ sơ đề nghị vẫn chưa có kết quả công nhận dẫn đến việc nhà trường chưa được hoạt động dưới tên mới, vì chưa có đủ điều kiện để được Công an Thành phố cấp con dấu mới.
Trường Đại học Tôn Đức Thắng là trường công lập nhưng đến nay vẫn chưa được cấp có thẩm quyền công nhận Hội đồng trường cũng vì vướng mắc giữa việc thực hiện các điều của Luật 34 và áp dụng quy định của Tổng Liên đoàn (cơ quan chủ quản của trường). Tương tự, trường đại học Dân lập Lương Thế Vinh (Nam Định) đã được chuyển đổi sang loại hình trường tư thục từ năm 2018.
Mặt khác, các bộ, ngành, Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố vẫn muốn quản lý trực tiếp mọi hoạt động của các trường ĐH trực thuộc trên các mặt tổ chức bộ máy, công tác cán bộ, tài chính, đầu tư và thậm chí cả về mặt học thuật.
Để kịp thời tháo gỡ những khó khăn, vướng mắc cho các trường ĐH đang gặp phải hiện nay, Hiệp hội Các trường đại học, cao đẳng Việt Nam đã có đơn kiến nghị gửi Thủ tướng Chính phủ. Trong đó, đề nghị Chính phủ sớm ban hành Nghị định hướng dẫn thực hiện Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật 34 đặc biệt là các chi tiết liên quan đến Hội đồng trường.
Chủ tịch Hiệp hội Trần Hồng Quân cho biết, những mong muốn trên đây được đáp ứng sẽ tạo cơ hội cho các cơ sở giáo dục ĐH phát huy hết tiềm năng, sức sáng tạo trong giáo dục – đào tạo, nghiên cứu khoa học, phục vụ xã hội; đó cũng là sự thể hiện một Chính phủ Kiến tạo như Thủ tướng Chính phủ đã nhiều lần có thông điệp trước toàn dân.